L'ANAES a été créée par l'ordonnance du 24 avril 1996 portant réforme de l'hospitalisation publique et privée. C'est un établissement public de l'Etat.
Ses missions sont de tout mettre en place pour favoriser l'évaluation des soins et la mise en place de pratiques professionnelles aillant dans ce sens au sein de tous les établissements de santé qu'ils soient publics ou privés comme dans le cadre de l'exercice libéral.
Comme son nom l'indique elle gère et met en oeuvre la procédure d'accréditation pour les établissements de santé. Elle a aussi une mission d'évaluation pour certaines actions et programmes de santé public.